Η ιστορία των Χανίων χρονολογείται από χιλιετίες περίπου στο 2200 π.Χ., όταν οι Μινωίτες ίδρυσαν την αρχαία πόλη-κράτος Κυδωνίας στο ίδιο σημείο. Στεγασμένο στη γοτθική εκκλησία του San Francesco, έναν ελαφρύ και ευάερο θολωτό χώρο (χτισμένος από τους Βενετούς και αργότερα ως τζαμί από τους Τούρκους), το μουσείο αυτό στεγάζει αρχαιολογικά ευρήματα από τη δυτική Κρήτη από τη νεολιθική εποχή μέχρι τη ρωμαϊκή εποχή. Υπάρχει ένας πλούτος από μινωικά κεραμικά, ζωγραφισμένα νεκροταφεία, χρυσά κοσμήματα και πηλός με επιγραφές. Άλλα αξιοσημείωτα εκθέματα περιλαμβάνουν περίεργα πήλινα ειδώλια γυναικών που αντιμετωπίζουν πουλιά, αναθηματικοί κεραμικοί ταύροι, ρωμαϊκό μωσαϊκό τρίτου αιώνα και εντυπωσιακή μαρμάρινη προτομή του Ρωμαίου αυτοκράτορα Αδριανού